新宿御苑にそびえる大木のシルエット

三河の松平氏（徳川氏）の家臣で江戸時代に大名となった内藤氏は上述の丹波・周防の内藤氏と同祖とされるが、この間、戦国期までの事蹟は明らかではなく、仮冒の可能性も強い。戦国時代から安土桃山時代にかけて、内藤清長・内藤正成・内藤家長・内藤信成らが徳川家康に仕え活躍し、その功績により江戸幕府の成立後は数家に分かれ、信濃高遠藩、陸奥湯長谷藩、三河挙母藩、日向延岡藩、信濃岩村田藩、越後村上藩などの地で譜代大名として隆盛した。明治維新時には大名内藤家は全部で6家あり、維新後すべて子爵に列した。特に清政の系統は、高遠藩江戸屋敷のあった内藤新宿（現在の新宿区内藤町）の地にその名を残している。